Das übergreifende Instrument der FAU zur Erhöhung des Frauenanteils in der Wissenschaft sind die seit 2005 abgeschlossenen Zielvereinbarungen zwischen der Universitätsleitung und den Fakultäten. Diese Zielvereinbarungen basieren auf den strukturellen und personellen Gleichstellungsstandards der DFG, fakultäts- beziehungsweise departmentspezifischen Statistikkennzahlen sowie dem Kaskadenmodell.
Folgende Maßnahmen wurden im Rahmen der universitätsinternen Zielvereinbarungen implementiert: